由于新型冠状病毒核酸是通过RT-PCR或者是NGS的方法查新冠病毒的核酸DNA，所以准确率比较高。一般阳性结果就提示新冠病毒的确诊病例，但是阴性结果不能够排除为新冠病毒感染。因为核酸检测会受到病程、标本采集、检测过程、试剂的影响，比如患者是患病早期，病毒载量比较低，有时核酸检测可能是个阴性结果，等到病毒累计量增多之后，就可以出阳性。
另外，还有采集标本的位置不正确，一般采咽后壁或者是下呼吸道痰，这样的阳性率相对比较高。如果采用的位置比较靠前，就可能出阴性结果，或者试剂的质量相对比较差，这种情况也容易出阴性结果。所以为了提高检测阳性率，应该规范的采集标本，同时尽快送检。