板蓝根药性寒，味苦，健康人服用板蓝根过多会伤及脾胃，容易出现一系列消化道反应，长期内服可致食欲减退、体瘦、神疲少动、吐清涎、腹泻、腹痛、腹胀等。特别是体质偏虚寒的人，平素就怕冷，如果常感脾胃不和，易腹泻就更不宜多喝板蓝根冲剂，以免感冒没治好，反而出现胃痛、畏寒、食欲不振等症状。

滥服板蓝根，很容易引起消化不良，干扰营养的吸收利用，适得其反。板蓝根不能防治所有感冒或感染性呼吸道疾病，而且板蓝根性寒、味苦、对“风热”感冒有效，但不适用于“风寒型”感冒、”阴虚“感冒，有过敏史者一定要注意不要轻易服用。“是药三分毒”，板蓝根这样的抗病毒清热解毒药，本来毒副作用很小，但是用的时间长了，吃的数量多了，会引起蓄积中毒。之前就有过报道1例4岁患腮腺炎病儿肌注板蓝根注射液的同时，口服板蓝根煎剂和含板蓝根的片剂，6天后引起上消化道出血。