吸烟虽然不是胃食管反流性疾病的主要危险因素，但它却能加重该病的症状。相反，戒烟加上药物治疗可以改善胃食管反流的症状。吸烟能够降低下食管括约肌的压力，使人在紧张和疲劳时容易发生胃食管反流。吸烟同样也能增加与深吸气和咳嗽相关的发生反流的次数。

吸烟能够减少唾液的分泌，从而延长了食管对酸清除的时间。另外，尼古丁能影响酸清除和下食管括约肌的紧张度。上述所有效应加起来表明，吸烟可能是胃食管反流性疾病的中等危险因素，吸烟能加重胃食管反流性疾病的症状。

戒烟将使下食管括约肌高度敏感的病人受益，因为戒烟可以使下食管括约肌的压力升高到10mm Hg以上，而10mm Hg正是应激诱导反流的阈值。另外，戒烟同样能使食管对酸清除时间延长的病人和唾液腺功能减退的病人受益，因为戒烟能逆转上述异常状况。