健康人长期使用漱口水会造成口腔内的正常菌群失调，出现黏膜溃烂、脱膜甚至坏死症状，严重的会形成多处溃疡。

长期使用含有洗必泰的治疗性漱口水也容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在医生的指导下有选择地使用，不能自行长期使用。

另外漱口水不能代替牙刷：对于一些用漱口水来代替刷牙的人这种做法是完全错误的。刷牙的一个主要目的是除去附在牙齿表面的牙菌斑。在这个过程中，起最重要作用的是牙刷的物理摩擦，漱口水无法进行这种摩擦，因此无法除去牙菌斑。