所谓有机食品，就是不使用化肥、农药、基因工程技术，按照自然规律自然生长生产的食品。在很多人眼里，有机食品绝对是绿色安全的，但其实这类食品也有安全问题。

有机食品不使用化肥，而是使用有机肥，人畜粪便是最常见的有机肥。使用有机废物作为有机肥料应该经历一个分解过程。分解的目的一是提高肥效，

二是杀死有机肥中携带的大量病原菌、真菌、寄生虫和虫卵。成熟后什么时候可以使用是有标准的，需要检测鸡蛋和大肠菌群的数值。如果成熟时间不够，肥料不达标，细菌和虫卵就会存活。

施入农田后，一部分附着在作物上造成直接污染，一部分进入土壤造成二次污染。这样，有机食品本身可能携带细菌，最常见的是沙门氏菌。

生活中，充足的紫外线照射可以杀死沙门氏菌，但有些崇尚“自然”的人甚至不允许有机食品被紫外线灯照射，这也是违背自然的。这些崇尚自然的人吃自然的食物，他们也以自然的方式吃生的水果、蔬菜甚至吃鸡鸡蛋。所以沙门氏菌难免会占便宜。除了沙门氏菌，大肠杆菌也大量存在于人和动物的粪便中，容易感染有机食品。

有机食品不仅有细菌感染的问题，还有病虫害的问题。没有杀虫剂，庄稼容易生虫。有虫、有蛋、有虫斑、有病斑的食物，即使对人无害，对人也不好。可见有机食品不一定安全。虽然没有化肥和农药残留的问题，但也会遇到细菌和寄生虫(最常见的是蛔虫)引起的疾病。

另外，要警惕假的有机食品。有机食品毕竟是少数。在最崇尚有机食品的欧洲，有机农场只占全部耕地的2%，产值占10%左右，所以价格高。在市场上，如果是便宜的有机食品，或者有机食品遍地都是，那就需要一个问号。近年来，有许多报道称，普通食品冒充有机食品，使用剧毒农药。所以要科学看待食品安全，即毒性与剂量有关，化肥农药残留只要不超标对人体是安全的，而有机食品如果有细菌寄生虫入侵食品就不安全。