消化不良往往是由饮食不当引起(过量或食物成分不当)，食物不能被充分消化和吸收而滞留在小肠上部，有害菌繁殖使食物发酵和腐败，出现大便有酸味、大便中常见白色奶瓣和泡沫、轻微腹痛等情况，严重时发展为腹泻。

婴幼儿由于各种消化酶的分泌较少，消化吸收功能较成人差。同时，其消化醇的分泌易受炎热天气和疾病的影响，容易发生消化不良。例如，乳糖酶的缺乏就是一种最常见的婴幼儿消化酶缺乏。

益生菌在代谢过程中可产生乳酸、醋酸及其他有机酸，降低肠道pH值，抑制有害菌的繁殖，防止食物发酵和腐败，从而缓解消化不良时的腹痛，帮助避免发展为腹泻。