迄今为止，由于人们并未观察到人体的消化系统因常驻细菌或过路细菌出现感染或毒性反应，所以一般认为,胃肠道内常见的正常双歧杆菌和乳酸杆菌等常驻细菌、过路细菌及发酵食品中含有的乳酸菌对人体都是安全、无副作用的。同时，人们常常根据饮食和健康需求，将益生菌作为食品的一部分或膳食补充剂使用，如东亚地区的泡菜，我们日常喝的酸奶等，这些应用经验都证明食用益生菌对人体健康有很多益处。